Společnost se nachází na jižním pobřeží Islay – mezi Ardbegem a Laphroaigem. V roce 1816 ji ve skotském městě Port Ellen založil John Johnston. Do povědomí veřejnosti se dostal až v roce 1862, kdy lihovar koupil John Logan Mackie. Jeho synovec Peter J. Mackie podnikl v roce 1878 první z mnoha cest na Islay, aby se naučil tajemství destilace a nakonec převzal výrobu v Lagavulin. Sir Peter Mackie byl jednou z předních osobností whisky konce 19. století. V roce 1890 vytvořil směs „White Horse“ a spoluzaložil lihovar Craigellachie – byl znám jako velký inovátor. V roce 1908, podrážděný ze ztráty práce v Laphroaig, Mackie postavil repliku lihovaru v Lagavulinu a nazval ji Malt Mill. Výroba fungovala až do roku 1962 a ačkoli byla vytvořena tak, aby vznikala stejná směs jako Laphroaig, který je vzdálen jen dvě míle, nikdy se tak nestalo a velký úspěch to nebyl. Fiktivní sud „Malt Mill“ hrál ústřední roli v komedii filmového režiséra Kena Loacha The Angel's Share.

V dnešní době je však situace úplně jiná – lihovar vyrábí 24 hodin denně, 7 dní v týdnu, aby se držel krok s neustále rostoucí globální poptávkou. Svět se „zamiloval“ do kouře a Lagavulinu – směsi mořského pobřeží a slatiny, kouře z dýmek, bažiny a bohatého tmavého ovoce, která potěší mnohé nadšence rašelinové whisky. I když se zkrátily časy fermentace, čímž se do nové směsi vnesl cereální nádech, druhá destilace zůstává extrémně dlouhá, čímž se maximalizuje reflux (kondenzační jev). Zrání probíhá převážně v dubových sudech. V posledních letech však pro některé edice použili i sudy po ,,sherry“ a ty byly vydány v malých šaržích.